Barrapunto

Los programas que se instalan donde quieren sin dar opción son un retraso. Lo demás que dices me parece fruto de una falta de información.

Que un programa cree miles de entradas de directorios será una chapuza o un acierto, dependiendo de qué sean esas entradas, pero en cualquier caso para eso están los desinstaladores.

Que todos los programas traigan un instalador aunque "no sea realmente necesario" es necesario :-) aunque sólo sea porque de esa forma el usuario no necesita saber que no es necesario: se va siempre al desinstalador de Windows. Desinstalador que se tiene que encargar de esos miles de directorios, del registro, etcétera. Desinstalador que cumple la misma función que el sistema de paquetes de mi Debian.

Que empaqueten todo es una cortesía para el usuario, no obligándolo a adivinar donde tiene que ir por el resto, si es que ese resto está donde tiene que estar.

Que se use el registro en vez de un fichero de texto es muy conveniente para las instalaciones en red.