El único inconveniente es que no sean compatibles, (almenos si hacer nada, a hacer algo me refiero por ejemplo a convertirlos con alien por poner un caso concreto) los paquetes de diferentes distribuciones, pero al instal·lar, creo que con herramientas como apt y similares que te resuelven las dependencias, es más sencillo que en windows, tanto para instalar como para desinstalar.
Sobre la dificultad de instalar programas en linux
(Puntos:1)( http://gnulover.net/ )
Aicart [gnulover.net]