1) Depende de tus gustos, ambos toolkits son bastante buenos. Muestra de ello son KDE y GNOME.
Usando GTK+ y Gtkmm puedes programar usando C/C++ y Qt es C++ nativo.
3) Hay aplicaciones comerciales basadas en GTK+:
Evolution
GobeOffice
ApplixWare Office
GPS (un IDE)
....
Re:qt o gtk+
(Puntos:1)