Con Debian no creo que te las machacase, porque el paquete kdelibs (que es lo que en realidad necesitas para ejecutar aplicaciones KDE2) puede convivir en las dos versiones (las de kde 2 se llaman kdelibs3, supongo que las de kde3 se llamaran kdelibs4). Lo que si te machacará será los programas que existan en ambas versiones (kdebase, kdesupport, etc).
Re:¿Y como haces que convivan sin que se "machaque
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